Việc săn bắt chim yến vì mục đích khác đang diễn biến phức tạp. Hộ nuôi thiếu hoặc không nghiên cứu đầy đủ về khí hậu, thời tiết, vùng sinh thái và tập tính của chim yến nhà, dẫn đến tình trạng nhà xây xong chim không về làm tổ hoặc chim chết do biến đổi thời tiết.Việc mua bán, thương mại sản phẩm tổ yến còn chưa có thị trường ổn định, nhiều khi còn cạnh tranh nhau về thị trường, người nuôi yến bị ép giá.

Việc đầu tư vào khâu chế biến còn chưa được chú trọng đúng mức, mang tính tự phát, không theo tiêu chuẩn, quy chuẩn sản phẩm nào đối với mặt hàng này. Sản phẩm chủ yếu xuất khẩu dưới dạng sản phẩm thô nên giá trị chưa cao. Vì vậy nếu giải quyết được những vấn đề trên sẽ góp phần thúc đẩy ngành nuôi yến cả nước nói chung, các tỉnh phía Nam nói riêng phát triển bền vững, đảm bảo chất lượng đầu ra, tiến tới xuất khẩu ra thế giới.