Tuy nhiên, trong quá trình sử dụng phần mềm định danh điện tử VNeID, có nhiều người muốn thay đổi số điện thoại đã đăng ký gắn với tài khoản định danh cá nhân do nhiều lý do khách quan có thể là do dùng số điện thoại của người thân; cung cấp số điện thoại không chính chủ, hoặc số điện thoại bị người khác sử dụng đăng ký định danh...

​Người dân muốn đổi số điện thoại trên VNeID thì có thể thực hiện bằng một trong 02 cách sau:

- Cách 1: Đến công an cấp xã để đổi số điện thoại trên VNeID.

- Cách 2: Công dân gọi vào số tổng đài VNeID 1900 0368.

Sau đó ấn phím 4 để liên lạc với nhân viên tổng đài. Nhân viên tổng đài sẽ kiểm tra thông tài khoản định danh điện tử của công dân, xác minh các thông tin về lý lịch, nơi cư trú... có đúng như trên dữ liệu hay không. Sau đó, công dân cung cấp số điện thoại mới để thay đổi cho số điện thoại cũ. Cuối cùng, Bộ Công an sẽ nhắn tin đến số điện thoại đăng ký mới. Khi đó công dân vào kích hoạt lại tài khoản định danh điện tử với số điện thoại mới.

Thời gian hoàn thành đổi số điện thoại trên khoảng 07 - 10 ngày. Bộ Công an sẽ nhắn tin đến số điện thoại đăng ký mới. Công dân vào kích hoạt lại tài khoản định danh với số điện thoại mới. Việc thay đổi thông tin số điện thoại để đảm bảo số đó đang được hoạt động và thuộc quyền sở hữu chính chủ. Người dân chỉ có thể đổi số điện thoại một lần trong khoảng thời gian nhất định.​