Toàn thể đội viên đều thực hiện học tập và sinh hoạt tại Liên đội theo các khối lớp. Mỗi chi đội, lớp trực tuần sẽ tổ chức 1 hoạt động gắn với chủ đề của mỗi tháng, các chi đội đăng kí tham gia với 1 hình thức. Ngoài ra, có sự tham gia của Ban Giám hiệu nhà trường, giáo viên và phụ trách các chi đội.

Nội dung sinh hoạt Liên đội dưới cờ được thiết kế gắn với chủ đề, chủ điểm hàng tháng trong chương trình công tác Đội và phong trào thiếu nhi năm học của Liên đội; kế hoạch năm học, hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp và hoạt động ngoại khoá của nhà trường, tập trung vào 6 mảng hoạt động của Đội: Hoạt động giáo dục truyền thống, đạo đức, nếp sống; Hoạt động hỗ trợ học tập, văn hoá; Hoạt động lao động - sáng tạo; Hoạt động xã hội; Hoạt động giáo dục tinh thần đoàn kết, hữu nghị quốc tế. Mỗi nội dung có ý nghĩa giáo dục khác nhau, nội dung các buổi sinh hoạt Liên đội dưới cờ phải đảm bảo mục đích giáo dục, được thiết kế phù hợp với tâm sinh lý lứa tuổi, dễ thực hiện, góp phần rèn luyện kỹ năng, hình thành thói quen có ích cho các em; góp phần củng cố, nâng cao kiến thức mà các em đã được học trên lớp.

Sinh hoạt Liên đội dưới cờ dần trở thành nếp văn hóa trong nhà trường. Giúp thiếu nhi nâng cao hiểu biết về truyền thống cách mạng của dân tộc, Đảng, Bác Hồ; Đoàn TNCS Hồ Chí Minh và Đội TNTP Hồ Chí Minh. Giáo dục cho các em tình yêu quê hương đất nước, lòng tự hào dân tộc; bồi dưỡng cho các em các giá trị đạo đức, lòng nhân ái, nếp sống văn minh; biết ơn các anh hùng, liệt sĩ, ông bà, cha mẹ, thầy cô. Giúp thiếu nhi có phương pháp học tập đúng đắn, rèn luyện ý thức tổ chức kỉ luật trong việc thực hiện nền nếp, nội quy nhà trường; biết vận dụng và đưa vào cuộc sống những kiến thức đã được học trong nhà trường. Nhờ đó, có thể củng cố được những kiến thức đã học, đồng thời mở rộng tầm hiểu biết đối với thế giới xung quanh.​