Bệnh thối rễ thường xuất hiện trên vườn sầu riêng khó thoát nước. Có nhiều tác nhân gây bệnh nhưng phổ biến là nấm. Nấm phát triển từ đầu rễ và lan vào rễ chính làm thối rễ. Triệu chứng đầu tiên các lá chuyển vàng và rụng sớm, bệnh nặng làm các nhánh non chết dần, sau đó chết cả cây, có nhiều cây khi chết chỉ còn trơ cành. Đối với những vườn có thành phần sét nhiều nhưng ít bón phân hữu cơ nên đất bị nén chặt, vườn bị oi nước trong mùa mưa, trong khi mùa nắng đất lại dễ bị khô nứt làm ảnh hưởng xấu đến sự phát triển hệ thống rễ và tạo điều kiện cho các loài nấm hại trong đất phát triển và tấn công rễ.Vườn không bón vôi cho đất cũng là điều kiện giúp bệnh phát triển và gây hại nặng. Nấm bệnh hại rễ tồn tại trong đất qua một thời gian dài khi không có ký chủ và nguồn bệnh trong đất tăng dần qua nhiều năm. Chúng có thể lan truyền theo nước tưới, đất do động vật và người mang hoặc cây giống nhiễm bệnh.